µTorrent nabízí také několik voleb příkazové řádky, kterými můžete ovlivnit jeho chování. Všimněte si, že tyto volby mohou být použity jen, pokud je µTorrent spuštěn z příkazové řádky, nebo pokud je tento parametr nastaven v jeho zástupci vně uvozovek určujících cestu k souboru programu µTorrent.